El personaje principal, Naruto Uzumaki, es un joven ninja hiperactivo que constantemente busca aprobación y reconocimiento, así como para volverse un Hokage, reconocido como líder y el mejor ninja de todo el pueblo. El lleva en su cuerpo un sello donde vive el Demonio Kyūbi, un Zorro de 9 colas que realizo una masacre en la aldea de Konoha hace muchos años, llevandose como victima al 4º Hokage. Le va muy mal en la escuela ninja y se mete siempre en problemas, especialmente cuando trata de llamar la atención de Sakura, una joven estudiante ninja de la cual Naruto esta enamorado. Desgraciadamente Sakura esta enamorada del mejor estudiante ninja de Kanoha, Sasuke quien es decendiente de la familia Uchiha, una de las más poderosas que viven en la aldea.

Naruto, Sasuke y Sakura son elegidos para formar uno de los grupos ninja de tres integrantes aparte de su instructor. Desde ese momento van asignandoles misiones fuera de la aldea para mantener el estado economico y la reputación de Konoha.