La historia de Rurouni Kenshin está ubicada en un período particularmente conflictivo de Japón. El período significativo al que se hace referencia en esta trama y que marcó un quiebre en la historia de Japón es el “Bakumatsu no Douran”  (Levantamientos del “Fin del Régimen del Shogun”). Por más de 250 años (1600-1868) Japón había permanecido aislado del resto del mundo, viviendo bajo un régimen militar conocido como Shogunato, con base en Edo (actual Tokyo); época donde los samurais tuvieron su apogeo, a este período se lo conoce como Período Edo.

En 1853, sucede un incidente conocido como el “Kuro-Fune Raikou”  (Llegada de los Barcos Negros), que fue el detonante de la revolución. Estos barcos pertenecían a la marina de Estados Unidos quienes, muy fuertemente armados, venían a obtener derechos especiales para comercializar con Japón, cosa que el régimen del Shogun no pudo más que aceptar. Este hecho fue shockeante para la gente de Japón ya que puso en evidencia la debilidad de su país antes el resto de las naciones avanzadas, por lo que muchos líderes militares comenzaron a comprar armamento occidental e incluso cedieron libremente su poder y grandes privilegios en pos del cambio.Pero como era de esperarse, no todos los líderes militares iban a estar dispuestos a ceder sus privilegios (menos aún las clases más altas). Se desencadenó entonces una confrontación entre los partidarios de la reforma y destitución del régimen del Shogun, que se hicieron llamar Ihin Shishi (Patriotas de la Restauración) del cual formaba parte Kenshin; contra los partidarios de mantener el régimen del Shogun llamados Shinsengumi.

Finalmente en 1868, el Shogun Yoshinobu Tokugawa, el último en una dinastía de 250 años, le cedió el poder al Emperador Meiji, comenzando el período Meiji, también conocido como Restauración Meiji. En los primeros años de este período se promulgaron leyes iguales como la prohibición de portar armas y la posibilidad de tener apellidos (dos cosas exclusivas de los samurais durante el Período Edo). La base de la historia es entonces el conflicto entre los que quieren vivir en esta nueva era de paz y los samurais que no pudieron adaptarse y se dedicaron a asesinar.

Once años después del comienzo de la Era Meiji, Kenshin, se dedica a vagar por el mundo tratando de reivindicar su pasado como hitokiri a cambio de ofrecer proteger a la gente; es así como llega a Tokyo y se tropieza con Kaoru Kamiya, quien está a cargo del dojo de su difunto padre y persigue a un asesino que se hace llamar Hitokiri Battousai (quien existió en la vida real); pero gracias a la ayuda de Kenshin se descubre que el asesino solo era un farsante y antiguo enemigo del padre de Kaoru, además de conocer la verdadera identidad de Kenshin como el real Battousai. En modo de agradecimiento, Kaoru le ofrece alojamiento al vagabundo quien accede. Es así como conoce a otros personajes tales como Yahiko, un huérfano quien Kenshin rescata de unos ladrones, Sanosuke, un ex combatiente que estaba en contra de los Ishin Shishi que se termina amistando con Himura y por último Megumi Tagani, una doctora traficante de opio quien Kenshin ayuda a escapar de un poderoso grupo de ninjas. Así como aparecen amigos, también hacen presencia importantes enemigos para el vagabundo. Tales como, Aoshi Shinomori, el líder del grupo Oniwabanshu, quien había raptado a Megumi; Hajime Saito, figura histórica real del Japón al igual que Kenshin, y miembro del Shinsengumi; y por último como más importante Makoto Shishio, líder de un grupo terrorista llamado Juppongatana, quien planea tomar el poder del Japón y que Kenshin debe matar para ayudar al país, emprendiendo así un viaje en el cual no solo se enfrentará a peligrosos enemigos sino al propio hitokiri que lleva dentro y quiere olvidar.