La historia ocurre en la ciudad políticamente volátil de Neo-Tokio, construida en la bahía de Tokio después de que una inexplicable explosión, que provoco la Tercera Guerra Mundial, destruyó la ciudad original en 1998.
El cataclismo luego se descubre que fue causado por las espantosas energías psíquicas de un niño, Akira, que había sido sujeto de pruebas de un proyecto de investigación secreto del gobierno para el desarrollar capacidades psicokineticas. Akira no fue el único en ser sometido a esos experimetos. Actualmente solo pocos quedan de esa época, y todo registro de las pruebas fue destruido en la explosión.
Treinta y un años más tarde, en el año 2019, una pandilla de motociclistas adolescentes, los “Capsules”, liderados por Kaneda, un joven egocéntrico delincuente de 16 años, se encuentra en guerra con una pandilla rival. Uno de los miembros de la pandilla, Tetsuo Shima, el mejor amigo de Kaneda, persiguiendo a dos miembros de la banda rival en la parte abandonada de Tokio, sufre un grave accidente al encontrarse con Takashi. Este extraño individuo con apariencia de niño es un psíquico que acaba de ser secuestrado de una instalación del gobierno. Takashi perteneció al igual que Akira del experimento del gobierno para aumentar las habilidades psíquicas del ser humano.
Cuando Tetsuo intenta evitarlo, su moto estalla inexplicablemente. Cuando los Capsules alcanzan la escena, varios helicópteros militares también llegan conducidos por el coronel Shikishima, los soldados armados capturan a Takashi y a Tetsuo mientras que arrestan Kaneda y a sus amigos.
Al mismo tiempo miles de manifestante se enfrentan con las fuerzas armadas, y cientos son capturados para interrogatorio, en un intento de encontrar a los miembros de una facción que esta en contra del gobierno actual. Kaneda y sus compañeros son llevados también para ser interrogados, donde este conoce a Kei, quien es realmente parte de esta facción de rebeldes. Kaneda se siente inmediatamente atraído a Kei y logra sacarla de ahí convenciéndolos que ella también es parte de los Capsules.
Por otro lado Tetsuo es sometido a los experimentos a los que Takashi y los otros psíquicos, incluyendo Akira, fueron sometidos. Rápidamente comienza a desarrollar habilidades psíquicas similares a las del propio Akira. Rápidamente logra escapar de las instalaciones del gobierno y regresa en busca de su pandilla.
La historia continúa y de a poco se empieza a descubrir el misterio de Akira, cuyos restos son guardados debajo del estadio Olímpico de Neo-Tokio. Tetsuo aprende de Akira a utilizar sus nuevos poderes y comienza una sangrienta batalla contra el ejercito y los psíquicos, quienes intentan detener a Tetsuo.
Si este no es detenido rápidamente sus poderes serán demasiado grandes para que el los controlo y desencadenara una explosión igual que la que destruyo la ciudad en 1998, o algo aun peor.
Dentro de estos enfrentamientos se libra también una batalla personal entre Kaneda y Tetsuo. Estos dos amigos que han estado juntos desde niños se convierten en enemigos a muerte. Tetsuo siempre mostró un fuerte sentimiento de inferioridad ante Kaneda, quien era líder de la pandilla y nunca le dio a Tetsuo el lugar que le correspondía. La moto de Kaneda, un símbolo de poder y supremacía se vuelve un objeto muy codiciado por el ahora incontenible Tetsuo.Tetsuo se vuelve incontenible y la batalla alcanza el mismo estadio Olímpico donde los restos de Akira descanzan.
En este lugar se decidirá el destino de la cuidad y tal vez del mundo entero cuando los Psíquicos, las fuerzas del coronel Shikishima y el mismo Kaneda se enfrentan a Tetsuo y sus asombras fuerzas psicokineticas.
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